Al contrario que su precuela, que contaba con una historia original escrita específicamente para el juego, esta entrega narra toda la historia original de la serie, desde el comienzo del viaje de Monkey D. Luffy hasta el arco de Dessrosa, que cuenta con una historia original alternativa a la historia canónica, dado que el arco no había sido finalizado en el manga y el anime al momento del lanzamiento. A parte de lo mencionado, el juego cuenta con varias novedades, como la inclusión de jefes gigantes y ligeros cambios en las mecánicas de juego:

• Kizuna Rush: Es una nueva característica del juego que no poseen las dos anteriores entregas. Se trata de poder convocar a otro personaje al campo de batalla para realizar con él un ataque combinado. Se podrán convocar al mismo tiempo hasta cuatro personajes, siendo el ataque combinado más poderoso a medida que se incorporan más personajes.

• Dream Log: Además del modo historia principal, esta tercera entrega ofrece el modo "Dream Log", en el podremos desbloquear objetos y personajes a medida que el jugador avance por él.